Το 1912 η ενορία του ναού συγχωνεύτηκε με την αντίστοιχη του παρακείμενου ναού της Παναγίας Βλασσαρούς, ο οποίος κατεδαφίστηκε το 1932 – 1937 ώστε να μπορέσουν να γίνουν οι αρχαιολογικές ανασκαφές στην αρχαία Αγορά. Πολλά από τα κειμήλια και τις φορητές εικόνες του ναού της Παναγίας μεταφέρθηκαν στο ναό του αγίου Φιλίππου, ο οποίος ήδη από το 1912 έφερε τη ονομασία «Άγιος Φίλιππος Βλασσαρούς». Στον ναό μεταφέρθηκαν επίσης κειμήλια και από άλλους παρακείμενους κατεδαφισμένους ναούς, όπως της Υπαπαντής. Στα πρόσφατα μεταπολεμικά χρόνια (1950 – 1960) ο ναός του αγίου Φιλίππου παρουσίασε πάλι σοβαρές και επικίνδυνες φθορές. Έτσι, το 1961 επισκευάστηκε ριζικά και, μετά από αφαίρεση των διαφόρων αυθαίρετων νεώτερων παρεμβάσεων, επανήλθε στην αρχική του μορφή ως τρίκλιτη, θολωτή βασιλική με απλό υπερώο στο δυτικό τμήμα και κωδωνοστάσιο στο νοτιοδυτικό άκρο. Ο ναός του αποστόλου Φιλίππου εορτάζει στις 14 Νοεμβρίου αλλά παράλληλα τιμά και τον άγιο νεομάρτυρα Μιχαήλ Πακνανά (9 Ιουλίου), ο οποίος κατοικούσε στη συνοικία της Βλασσαρούς (που βρισκόταν μέσα στη σημερινή Αρχαία Αγορά), ήταν κηπουρός και μαρτύρησε στους Στύλους του Ολυμπίου Διός το 1771.
Άλλες εορτές του ναού είναι: στις 21 Νοεμβρίου τα Εισόδια της Θεοτόκου (Παναγία Βλασσαρούς), στις 2 Φεβρουαρίου η Υπαπαντή του Κυρίου, και στις 11 Ιουνίου η εορτή του αγίου Λουκά αρχιεπισκόπου Κριμαίας & Συμφερουπόλεως, του ιατρού και ομολογητού.
Στο ναό του αγίου Φιλίππου φυλάσσονται τεμάχια των ιερών λειψάνων των αγίων αποστόλων Φιλίππου (14/11), Πέτρου (29/6) και Θωμά (6/10) και των αγίων Μαρίνας (17/7), Ταρσιζίου (15/8), Ευτυχίου μάρτυρος του Ρωμαίου (20/1) και Λουκά αρχιεπισκόπου Κριμαίας του ιατρού (11/6).