Σκοπός του Ιδρύματος είναι η αντιμετώπιση των ψυχοκοινωνικών προβλημάτων του ανθρώπου με βάση τις ορθόδοξες αρχές μας, η ενημέρωση και ευαισθητοποίηση της κοινότητας σε θέματα πρόληψης, προαγωγής της σωματικής και ψυχικής υγείας καθώς και σε θέματα χρήσης και εξάρτησης και η εφαρμογή μεθόδων στους τομείς της πρόληψης, της θεραπείας και της αποκατάστασης. Ο κανονισμός λειτουργίας του εγκρίθηκε από την Ιερά Σύνοδο της Εκκλησίας της Ελλάδος και δημοσιεύθηκε στο Φ.Ε.Κ. 1789/28.9.1999.
Στη διάρκεια των χρόνων αυτών το Ίδρυμα «ΔΙΑΚΟΝΙΑ»:
• Ίδρυσε το Κέντρο Πρόληψης, που δραστηριοποιείται κατά κύριο λόγο στην πρωτογενή πρόληψη θέτοντας ως στόχο την προώθηση υγιών τρόπων ζωής μακριά από τη χρήση ψυχοδραστικών ουσιών, τη δημιουργία πυρήνων πρόληψης στις ενορίες, την ενημέρωση και ευαισθητοποίηση της κοινότητας και την εκπαίδευση ομάδων πληθυσμού σε θέματα πρόληψης και προαγωγής της ψυχικής υγείας.
• Έχει ήδη οργανώσει με επιτυχία τέσσερα ειδικά σεμινάρια κατάρτισης Κληρικών της I. Αρχιεπισκοπής, με στόχο την ενημέρωση τους γύρω από το πρόβλημα της εξάρτησης και την καθοδήγησή τους στο σωστό τρόπο χειρισμού των εξαρτημένων ατόμων.
• Προχωρεί σε επιμελημένες εκδόσεις που αφορούν στην ενημέρωση γύρω από τις δράσεις του Ιδρύματος, στο πρόβλημα της χρήσης και της εξάρτησης καθώς και σε ζητήματα προώθησης της πρόληψης στην κοινότητα.
• Στοχεύοντας στη δικτύωση και αναγνωρίζοντας ότι η πρόληψη είναι καθολική υπόθεση και συλλογική προσπάθεια συνεργάζεται με φορείς, συλλόγους, θεραπευτικές κοινότητες και κάθε ενδιαφερόμενο με στόχο την κοινή δράση απέναντι στο πρόβλημα των εξαρτήσεων.
• Σχεδιάζει και υλοποιεί εκδηλώσεις σε συνεργασία με άλλους φορείς για την Παγκόσμια Ημέρα κατά των Ναρκωτικών με στόχο τη διάδοση των μηνυμάτων πρόληψης.
• Ενημερώνει τα κληρικά και λαϊκά Στελέχη της Εκκλησίας για τα θεραπευτικά προγράμματα που λειτουργούν σήμερα στην Ελλάδα και παρέχει κάθε σχετική πληροφορία σε ζητήματα εξαρτήσεων και θεραπείας.
• Ενημερώνει για τις υπάρχουσες θεραπευτικές δομές με προσωπικές συναντήσεις, τόσο νέους που αντιμετωπίζουν το πρόβλημα, όσο και γονείς ή συγγενείς τους που ζητούν τη βοήθεια της Εκκλησίας.